sysutilsからportupgradeをインストールしている場合、 portsツリーを最新にした後、port-management 内のportupgradeを入れれば直ります。
# pkg_delete portupgrade-2.2.2,2
# cvsup -L 2 ports.supfile
# cd /usr/ports/ports-mgmt/portupgrade
# make install
# portsdb -U